涉及到睡眠相关的心理现象时，我们主要会引入睡眠期的概念。过往对起床气的解释主要描述了 REM（快速眼动睡眠）被叫醒而后发脾气的现象。事实上，很多人处于 NREM（非快速眼动睡眠）时也会出现起床气的问题，也有证据表明处于 NREM 被唤醒也可能出现焦虑反应。我认为，用脑电来解释情绪，属于一种因果倒置，脑电是脑活动产生的电信号，情绪是躯体生理状态的产物。从这个角度讲，REM 不是产生焦虑的原因，而是「焦虑」的产物。当然，起床气的解释并没有这么复杂。
从生理节律上，起床通常处于体温和血压开始上升的时期，心率会有明显的加速，也会出现心律不齐等现象；同时，睡醒之后，呼吸频率加快，胃肠蠕动增加准备排泄，身体又处于缺水且饥饿的状态。这些意味着什么？意味着外周神经系统开始处于高度活跃的状态，也意味着和愤怒、焦虑等情绪的生理信号非常接近。所以起床气的机理非常简单，就是大脑皮层被欺骗了，让我们误以为脏器、外周系统和边缘系统的信号是情绪信号，是受到威胁，需要更具有攻击性。
然而，也不能算是被欺骗了。因为这些信号就是情绪，只是有些时候我们不会识别成情绪而已。比如在长跑过程中的生理信号，虽然也是高唤醒水平，但是我们不会识别为愤怒（当然这种信号在某些环境线索下很容易转化成愤怒，按下不表），而会把这种水平认为是相对的平静。这也是有些人即使在起床之后感觉到身体不适，也不会识别为起床气的原因。也有些人在了解了起床气这个概念之后，才会刻意去识别起床时的情绪，从而出现起床气的现象，而且很难再消失。
也有一些情况会加重起床气的程度，分为三种。1）睡前扰乱生理节律的行为，比如喝咖啡、宿醉、长时间剧烈运动、熬夜等等，这些行为不仅会加重起床气，甚至会影响次日整天的情绪和工作效率；
2）睡眠环境不佳，过明、过暗、过冷、过热、过硬、过软都有可能影响，突然变换的睡眠环境也会加剧这种情况；
3）在快速眼动睡眠期被叫醒，REMs 外周系统和运动系统都处于睡眠中的活跃时期，在 REMs 生理信号的强度明显会强于 NREMs，而且不经历提升过程，直接处于高唤醒状态，出现焦虑甚至是情绪失常的表现就十分正常了。
不过，起床气也不仅指的是情绪问题，困倦感以及部分生理水平不足以支撑觉醒状态，比如低血压、低血糖，都可能引发不同的症状，这就是生理学问题了。那一般人如何摆脱起床气的困扰？轻松的生活状态，健康的生活习惯，充足而舒适的睡眠，自然而平缓的起床过程，美好的枕边人。还有，忘掉 「起床气」 这个该死的概念吧！
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