6月移驻楚雄，处理姚州汉回互斗案。
7月返回昆明。
以办理云南“回务”有功，得旨加太子太保，并赏花翎。
12月道光帝谕令云南、贵州、广西、四川等省督抚，设法开采银矿，增闢银源。
本年饬令地方官府镇压了云州、缅宁、顺宁、永平、邓川州等地各族人民起义或反抗斗争。
1849年 65岁
在云贵总督任上。
春整顿云南矿厂，主张“招集商民，听其朋资伙办”。开采银矿。
整顿铜政。维护“放本收铜”政策。
6月云南腾越厅卡外少数民族起义，饬令迤西官兵镇压。
7月因病请假治疗。
8月以病情加剧，奏请开缺回乡讲治。
9月道光帝下旨准予病免。
10月扶病东归。
1850年 66岁
2月归途至江西南昌，暂寓百花洲养病。
25日道光帝死，奕詝继位，改明号为咸丰元年。
4月返抵福州、寓文藻山宅所。
5月咸丰帝下诏求贤，潘世恩、孙瑞珍，杜受田先后上疏荐林则徐，穆彰阿阻挠。
6—10月联合福州市民，反对英人入城。整理旧稿，辑《云左山房诗钞》等。作《消暑随笔跋》、《重修福清文庙碑记》，瞩刘存仁校勘《西北水利》。
10月咸丰帝下旨命林则徐为钦差大臣，驰驿前赴广西。
11月5日奉旨为钦差大臣，带病从福州启程，前往广西镇压天地会起义。
11月16日至广东潮州，病情恶化吐泻不止。
22日死于普宁县行馆。
12月咸丰帝下诏晋赠林则徐太子太傅，照总督例赐恤，任内一切处分，悉予开復。
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