正如黄仁宇先生所作出的结论，郑贵妃想让自己的儿子当太子这是肯定的。处于这样一种备受皇上宠爱的地位，产生这样的想法不足为奇。既然有希望，聪明过人的郑贵妃就不会放弃任何努力，她所做的一切也就无可指责。但是对于那些意志坚定、不屈不挠的大臣们来说，挫败郑贵妃的“阴谋”，如同阻止一个败坏朝纲、危害千秋帝业的“魔鬼”。在他们看来，郑贵妃要立自己的儿子为太子对本朝的危害，要比八旗大军的铁蹄更为严重。事实上，就在1587年即郑贵妃生下儿子常洵一年之后，辽东巡抚注意到北方一个年轻酋长正在逐步开拓疆土，吞併附近的原始部落。他觉察到此人必成明朝的心腹大患，就派兵攻打，但出师不利，几乎全军覆没。他认为失败的主要原因，在其部下一个开原道参政（朝廷派来监视巡抚的命臣），不照命令行事，而坚持改剿为抚的主张造成的。辽东巡抚参劾这位参政的奏摺一到北京，被参者反而取得朝廷监察官的同情，他们又出来参劾这位辽东巡抚。当时的首辅申时行认为这完全是一件小事，不值得大惊小怪，引起内外文官的不睦。这位首辅再次运用了他的机智，以“和事佬”的身份出面调停，建议万历对双方参劾彼此对销。不必再论谁是谁非。然而这种处理的后果，却给了北方那位酋长一个难得的机会，使他继续大胆放肆地吞併其他部落，继续利用明朝内外官员的不和来发展自己的千秋大业，他开始创立文字、完善军队制度、研究攻防战略……这位酋长就是努尔哈赤。若干年后，他将成为八旗子弟的首领，死后谥号清太祖。
围绕着“国本之争”这件大事，朝廷的臣僚渐渐地形成了两大对立的派别：以首辅申时行、大学士王锡爵、沈一贯、方从哲等人为首的一派态度暖昧且“依违其间”；而以顾宪成、高攀龙、钱一本等为首的一派以“东林书院”为据点，主张坚决按照“有嫡立嫡、无嫡立长”的成规，拥立常洛为太子，从而形成明末名震一时的“东林党”。因沈一贯是浙江宁波人，他在继申时行之后出任首辅期间，纠集浙江籍京官与东林党作对，因而被称为“浙党”。此外还有“齐党”、“楚党”等多种派别，他们共同联合起来反对东林党。而各党在相互争斗中，又都利用京察的机会排除异己。京察是明政府考察京官（南、北二京）的制度，六年一次，每逢巳、亥年进行。在京察中，根据官员的政绩、品行，分别予以升、降、调或罢官的奖惩。凡在京察中被罢官的，永不起用。所以，各党都想利用这个机会置对方于死地。但是，无论哪方获胜，都对解决明末社会腐败的积弊无丝毫益处。而这些势同水火的党派之争，只能使帝国大厦倾倒得更加迅速。
她在悽苦中死去
如果万历像他的祖父嘉靖一样，为“大礼仪”之争廷杖反对他的一百多人，或者像他的伯祖父正德，把一百多名谏阻他南巡的官员都以棍论处。那么，事情也许会省去许多麻烦。然而，万历既无先辈之权威，更无祖宗之气魄，即使偶而发怨对臣僚予以制裁，也无济于事。在这进退两难的情况下万历再次显示出性格上的弱点，从而采取“拖”的办法，既然双方意见不一，那就把册立太子的事推迟。其理由是皇后还年轻，说不定她会生个男孩，那时再立太子也不为晚。但事实上万历自从和郑贵妃相爱，就与皇后不再有男女之欢，这个儿子从何而来？显然皇帝在用这并不高明的办法搪塞群臣。
万历一方面绞尽脑汁应付群臣的不断反驳和追询，一方面对王恭妃母子进行残酷的虐待。万历自己五岁开始读书练字，但皇长子朱常洛长到十四岁，还没有给他指派老师，几乎让这位未来的皇帝成了文盲。而王恭妃本人也被打入冷宫，无人问津。
转眼常洛已到十九岁，万历既不为之成婚，又不立为太子。大臣们终于发现了一个秘密，原来那位王皇后常常生病，显然万历打算一旦王皇后病逝，则由郑贵妃继之；常洵也就顺理成章地成为太子了。讲官黄辉猜到了这一秘密后，立即秉报给事中王德完，并说：这是国家大事，不测的事情随时都会发生。若万历和郑贵妃遂愿，写在史册上，后人就会笑朝中无忠臣。王德完听完后，遂叫黄辉写了奏章草稿，再由自己修改誊写后送给皇帝。结果是王德完被廷杖一百后除名。尚书李戴等连疏力救，忤旨被责。
万历在打了王德完后对群臣愤然说：“诸臣为皇长子耶？为德完耶？如为皇长子，慎无续扰；必欲为德完，则再迟册一岁。”这些自相矛盾又令人哭笑不得的话，使群臣大为惊讶。他们觉得万历似乎真的在期待什么。
就在万历和大臣们在立皇储问题上争吵不休、僵侍不下之际，一个已经在人们心目中消失了的“幽灵”，在这关键时刻突然出现了。这就是万历的生母慈圣太后。
处于风烛残年的慈圣，虽在深宫中颐养天年，不问朝政，但对立储一事她却时时关注着这一情势的发展变化。在这个问题上，她再度站到王恭妃和群臣一边，觉得已经到了她应亲自出面干涉的时候了。当万历来到她的深宫请安时，这位老太后面色严肃地问道：“为何迟迟不立常洛为太子？”
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