完成对两座城堡的包围后，郑成功决定先攻普罗文查，四月初六，该城守将描难实叮率荷军竖起白旗投降。初七，郑军全力围攻热兰遮城。
当时城内只有1700余人，其中900余名士兵，但荷兰人凭藉先进的武器、坚固的城堡和充足的粮食，负隅顽抗，等待巴达维亚（今印度尼西亚首都雅加达）援军到来。郑军强攻不下，决定长期围困，迫其投降，同时分派部队至岛内各地屯田和征税，迈出了经营台湾的第一步。
七月中旬，雅科布•考乌率领12艘战舰和700余名增援部队从巴达维亚抵达台湾，即与热兰遮守军合击郑军，又遭惨败，2艘战舰被炸沉，3艘快艇被缴获，300余名士兵丧生。
需要提及的是，其海军余部曾退至大陆，寻求清靖南王耿继茂支持，联合对付郑军，后因考乌没有配合，才导致计划流产。
不过从中也能看到，台湾在清廷心中的地位究竟如何了。为对付郑成功，它可以无所不用其极，宁愿帮助荷军夺回台湾，也不愿看到郑成功收復台湾建立抗清基地。
当时康熙才7岁，估计还不懂台湾是个啥，确切说那是四辅臣时代的第一年，但清廷对台湾的态度是始终如一的，重视你，那是因为你与郑氏父子栓在一起，无他。
再说热兰遮城的荷兰守军，面对强大郑军的包围，日益困顿，打也打不赢，跑也跑不掉，援军也不要再指望，无路可走，几尽绝望，在郑军最后一轮大炮的猛轰下，终于决定投降了。
十二月十三日（1662年2月1日），荷兰殖民者在投降条约上籤下字，揆一带着他的残余人马垂头丧气地离开了，被荷兰人占据了38年之久的台湾又重新回到了中国人的怀抱。这是一个激动人心的历史性时刻，四千年华夏从此又书写了一段光辉的篇章。郑成功，仅此便足以进入我中华伟大民族英雄的行列。
且说郑成功復台后，一心要把台湾及澎湖建成抗清的大后方，在荷兰人最后投降前，便已按照明朝的模式，着手建立政权，但他并未正式建立一个国家，而是仍奉明“永历”年号，以示对大明的忠贞。从这一点来说，郑氏台湾可以作为南明的延续。
他改热兰遮城为安平称东都明京，以示不忘大明，改普罗文查（赤嵌）为承天府，另设万年（今台湾凤山）、天兴（今台湾嘉义）二县，分管台湾南北。随即设屯田，开荒地，定官制，布法律，建赋役，迁人口（从大陆），并注意处理好民族关係，让来台汉人与当地土着高山族同胞能够和睦相处，可以说为儿子郑经以后发展台湾开了个好头，起了个好步。
但遗憾的是，收復台湾不到半年的郑成功，年仅38岁竟英年早逝了，箇中原因复杂。就在他来台的那一年（1661），拘禁中的父亲郑芝龙及弟弟郑世恩、郑世荫等全家十一口，被清廷族诛。逃亡缅甸的永历帝又被吴三桂俘虏，西南抗清武装只有李定国等带着残部在中缅交界处勉强支持。
两大噩耗纷至沓来，丧失亲人之悲、復国无望之痛，郑成功何堪承受！忧愤成疾，一病不起。突然间，家门又爆一丑闻，终给他以致命一击。
原来留守厦门的郑经，竟与其弟弟的乳母私通生下一子，郑成功治军治家向来极严，又郁积国雠家恨于心，岂能容下这等有辱门风之事，竟下令将郑经及其母与子和乳母同斩，并派人前去执行。
震怒之情可以理解，手段未免太过极端。结果，郑经被逼无奈之下，联合金厦诸将拒不从命，郑成功得知后，更加怒愤，病情加重，终于在来台后的第二年（1662）五月，撒手而去。
一代英杰就这样走了，留下丰功伟业，还有一声嘆息。对抗清大业、对台湾发展及对郑氏集团来说，所幸继承者，也是那个丑闻製造者（比起大清皇室小巫见大巫了）郑经，却十分了得，很是有为，得以让郑成功集大成的事业，继续发扬光大。
以后台湾发生的事儿，特别是咱们的康大帝如何又一次收復的，这里暂且不提，还是再来说说郑成功及一些需要进一步看清的问题吧。
附1：吴三桂讨清檄文
原镇守山海关总兵官、今奉旨总统天下水陆大师兴明讨虏大将军吴，檄告天下文武官吏军民人等知悉：
本镇深叨明朝世爵，统镇山海关。一时李逆倡乱，聚贼百万，横行天下，旋寇京师，痛哉毅皇烈后之崩摧，惨矣！东宫定藩之颠踣，文武瓦解，六宫恣乱，宗庙瞬息丘墟，生灵流离涂炭，臣民侧目，莫可谁何。普天之下，竟无仗义兴师勤王讨贼，伤哉！国运夫曷可言？
本镇独居关外，矢尽兵穷，泪干有血，心痛无声，不得已歃血订盟，许虏藩封，暂借夷兵十万，身为前驱，斩将入关，李贼逃遁，痛心君父，重仇冤不共戴，誓必亲擒贼帅，斩首太庙，以谢先帝之灵。幸而贼遁冰消，渠魁授首，正欲择立嗣君，更承宗社封藩，割地以谢夷人。不意狡虏遂再逆天背盟，乘我内虚，雄踞燕都，窃我先朝神器，变我中国冠裳，方知拒虎进狼之非，莫挽抱薪救火之误。本镇刺心呕血，追悔无及，将欲反戈北逐，扫荡腥气，适值周、田二皇亲，密会太监王奉抱先皇三太子，年甫三岁，刺股为记，寄命託孤，宗社是赖。姑饮泣隐忍，未敢轻举，以故避居穷壤，养晦待时，选将练兵，密图恢復，枕戈听漏，束马瞻星，磨砺竞惕者，盖三十年矣！
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