某次巡游，秦始皇站在海边，眺望大海，此时海市蜃楼出现，只见海天尽头有一片红光浮动，秦始皇便问随驾方士卢生那是什么，卢生答道：“那就是仙岛。”秦始皇大喜，又问仙岛叫什么名。卢生一时无法应答，忽见海中有水草漂浮，灵机一动，使以草名蓬莱做了回答。卢生告诉秦始皇，蓬莱山上住着拥有不死之药的神仙，于是秦始皇让卢生出海寻找蓬莱山，以求得不死之药。
海市蜃楼本是虚无缥缈之物，哪能找到？卢生无奈，只得向秦始皇回復未能找到不死之药。卢生是个聪明人，知道一点收穫没有，必会招来秦始皇恼怒。卢生左思右想，便找人写了一本奇书，书上写着一则谶语：“亡秦者，胡也。”卢生清楚，当今六国被灭，只有已经恢復元气的北方匈奴也就是胡人才是秦朝大敌。卢生将奇书献给秦始皇后，秦始皇便命蒙武之子蒙恬为将军，率三十万大军，北伐匈奴，以绝亡秦之患。又在赵国长城基础上左右加长，从临洮一直到辽东，成为一道万里长城，以防匈奴南侵。秦筑长城，死者不计其数，民歌道——
生男慎勿举，生女哺用脯。不见长城下，白骨相撑拄。
百姓处于水深火热之中，难以生存。李斯虽然记得师傅荀子教导的“水能载舟，亦能覆舟”，但明白秦始皇性格是一意孤行，劝谏也是无效，于是干脆不说，任其发展。
秦始皇又发大军，向南平定，添了三个郡。在南方大兴水利，叫水工史禄在湘江上游开掘渠道，号称灵渠，能通航，能灌溉。第二年，蒙恬打败了匈奴，又添了一个郡。两年增加了四个郡，合成四十郡。
这时候，秦朝众臣又开始议论纷纷，说分封制不能改、郡县制不可行。至于原因，则搬出古书来证。秦始皇非常恼火，下了一道命令：除了秦国历史和那些实用书籍，如医药、占卜、种树、法令等外，其余的诗、书、百家言论，全部焚烧掉，谁要私藏就治罪。今后再拿古书来反对现行法令，死罪。
这一年，纲成君蔡泽死了。当年相士唐举说的蔡泽还有四十三年寿命的预言果然灵验。这事传到秦始皇耳里，他不由更加相信方士之言。
儘管秦始皇听信方士之言，谋求长生不老之药，但事实却一次又一次令他失望。情绪暴躁的秦始皇动不动就杀人。他身边的方士卢生等，整日生活在恐怖之中。
一天，卢生对另一方士石生说：“俗话说，伴君如伴虎。我们侍奉陛下，说不定哪一天惹恼了他，我们就没命了。”石生一听，满面愁容：“是呀！那你说怎么办？”卢生说：“只有远离陛下，才能保全性命。我们可以这样。”卢生如此这般地向石生耳语了一阵子。
过了几天，卢生向秦始皇奏道：“陛下年年求仙，次次不成，肯定是有什么事妨碍了神仙，因此见不到神仙。是不是神仙喜欢安静，不爱吵闹呢？要不然，他们怎么会生活在天外、出没在夜间呢？”秦始皇点头称是。卢生接着说：“今后，陛下最好独居一处，不令外人得知，每日静心等待，这样，神仙肯定会被陛下的诚心所感动，一个接一个地来拜见陛下的。”秦始皇说道：“你言之有理。”于是秦始皇对臣下安排道：“把朕在咸阳的行宫统统连接起来，朕愿意住哪儿就住哪儿，不得令外人知晓朕的行踪。”此言一出，全国上下，征用役夫，调用财力，很快便把咸阳周围二百里内的二百七十座行宫，用復道、甬道相连，并帷帐、钟鼓充之。秦始皇又认为都城咸阳人太多，下令在渭河以南的园林中，仿集天下建筑精英，营造一座新宫，即阿房宫。
卢生、石生一起去见秦始皇，说道：“为了让神仙与陛下相见，我们这些方士也应居于别处。这样，陛下才能有一个清静的仙境与神仙相会。陛下若有什么事找我们，我们召之即来。”秦始皇把手一挥：“去吧！”就这样，卢生、石生便像逃出樊笼的小鸟，头也不回地远走高飞了。
秦始皇得知卢生、石生等人逃匿，恨得咬牙切齿，大骂：“仙人请不来，仙药找不到，卢生、石生竟逃之夭夭！这些可恶的方士都在戏弄朕。来人，把城里的方士给朕统统活埋了！”第二天，咸阳城外挖了一个很大的坑，四百六十名方士，包括一些儒生，一齐遭到活埋。秦始皇还不解气，乃掘儒生的宗师孔子之墓，取诸经传焚烧。儒生见儒教创始人孔子之墓被掘，个个义愤填膺。编谣歌来讨伐秦始皇——
秦始皇，何强梁。开吾户，据吾床。
饮吾酒，唾吾浆。飧吾饭，以为粮。
张吾弓，射东墙。前至沙丘当灭亡。
针对秦始皇大兴土木，建宫筑殿，一群悲愤的儒生又教乡间儿童唱道——
阿房，阿房，灭始皇。
这些诅咒谣歌传到咸阳，秦始皇暴跳如雷。卢生、石生等人，为替四百六十名方士报仇，又设计了一个用“软刀子”暗杀秦始皇的计划。在这方面，方士们是很聪明的，他们明白特殊语言的暗示诱导既能激发人，也能害死人。正巧，天上有块陨石坠于东郡，卢生、石生等人便在陨石上刻了几个字：“始皇死而地分。”诅咒秦始皇死了后，秦国的地盘又将由六国分割而治。
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