桓温道：“我也在为这事儿发愁呢，你说怎么办？”
郗超道：“伊尹放逐太甲，霍光废黜昌邑。明公要立大威信，使四海信服，也应当学习他们。”
“我早有此心，可是皇帝没什么过错，我找什么理由废掉他呢？”
“没什么过错，就给他找出点儿过错来。宫门深幽，最能让人相信的是床笫方面的事。您可以说皇帝阳痿，他的儿子全部是他的宠臣相龙、计好、朱灵宝等参侍内寝的大臣所生。仅凭此一件事，必可废掉他！”
桓温大喜，先派人去造谣，等朝野之间传得沸沸扬扬的时候，桓温带兵入京，对褚太后说，因为皇帝有痿疾，要废掉皇帝。
太后大惊：“不会吧，那为什么有田氏和孟氏为皇帝生有三男？”
桓温假装吃惊道：“您没听说么？现在朝野都知道，这三个孩子是皇上的宠臣相龙、计好、朱灵宝等所生。此三臣经常和皇上在一起，甚至夜不出宫，这事很有可能。”
太后被桓温也给弄懵了，遂道：“那就凭你处置吧。”
桓温从太后那里诓到了太后懿旨，遂废司马奕为东海王，另立相王司马昱为帝。朝中百官并非没有反对的，但桓温带兵入朝，杀气腾腾，哪个敢说半个不字。桓温废掉司马奕后，把田氏、孟氏及其所生的三子杀掉，相龙、计好、朱灵宝也被满门抄斩。司马奕被强迫离开都城，迁到吴县西柴里居住。司马奕害怕桓温暗害自己，竟然不敢让自己的妻妾怀孕，每日只是饮酒睡觉，忍辱求生。
桓温废立晋君之后，回到姑孰，把郗超留在京中把持内政。司马昱被推上皇位后的第二年即病亡，年五十二岁。司马昱临终遗诏称：“大司马桓温依周公居摄政事。少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”意思是由桓温来控制朝政，如果桓温愿意，也可以取而代之当皇帝。
司马昱之所以下这样的诏书，是怕桓温将来篡位加害自己的子孙，干脆从法律的形势上确定桓温当皇帝的合法性，这样桓温也就用不着加害他们了。但侍中王坦之坚决反对，甚至把司马昱的遗诏撕得粉碎。
司马昱嘆口气道：“天下，本是我祖无意中得来的，你又何必阻止呢？”
王坦之反驳道：“天下是宣帝、元帝的天下，皇上您又凭什么让给他人呢？”
在王坦之的坚决要求下，司马昱又改遗诏为：“家国事一禀大司马，如诸葛武侯、王丞相故事。”就是说只给予桓温相当于三国诸葛亮一样的权力。桓温并没有擅断朝政的权力。
司马昱死后，朝臣不敢立新皇，要去向桓温请示。谢安、王彪之、王坦之坚决按照司马昱的遗诏，拥太子司马曜即皇帝位。
郗超凭自己在朝中的力量没办法阻止三人立新君，于是跑到桓温那里告状说：“本来司马昱并无此遗诏，您可以趁此机会控制朝政，甚至得到皇位。但这样的好事全让谢安、王彪之和王坦之给搅黄了。”
桓温也非常失望，听了郗超的话，立刻以觐见新帝的名义，带大军去京城。大军到了京城南十二里地的新亭，然后请谢安和王坦之出城来见，并埋下伏兵，打算一言不合，便把二人杀掉，然后带兵入京，强行夺权。
谢安、王坦之是司马昱遗诏中三位顾命大臣中的两个，如果除掉此二人，或者把此二人争取过来，桓温便可在朝中为所欲为。太后及百官包括王坦之都很害怕，只有谢安道：“晋朝的存亡，在此一行。”
谢安和王坦之到了新亭，只见桓温大军兵营整肃，杀气腾腾，随行人都吓得脸色苍白，就连王坦之也很紧张，连手版都拿反了。只有谢安谈笑风生，神情轻逸。与桓温相见之后，谢安笑道：“我听说如果诸侯有道，则四邻都是可以帮你防守的朋友，你又何必在墙后面藏这么多士兵呢？”
桓温十分尴尬，立刻撤去所有伏兵。谢安先把桓温大大地吹捧了一顿，称：“别说是武侯诸葛亮、丞相王导，就是历史上的伊尹、周公在世，也比不上您啊。”几句话拍得桓温很是舒服，然后两个人就司马昱的谥号、庙号，祭拜陵寝的日期等事进行了商量。
桓温遂和气地进入建康，处理司马昱的丧事，扶立新君。桓温忽生大病，一连十数日卧床难起，病好后，却不离开京城，而且向谢安和王坦之提出一个要求：要九锡之礼。
九锡是九种礼器，是天子赐给诸侯、大臣有殊勋者的九种器用之物，是最高礼遇的表示。在桓温以前的封建王朝中，只有王莽、曹操、司马昭和孙权接受过九锡礼，其中王莽、曹操和司马昭篡位，孙权也称了皇帝。于是，加九锡成为权臣建立威信，当皇帝的铺路石。
谢安当即道：“凭您的功劳别说是受封九锡了，就是禅受皇位也未尝不可！您只管回去，这事包在我的身上。”
桓温很高兴，带着军队离开建康回去了，王坦之则很生气，责问谢安道：“九锡是异常之礼，一旦相加，则晋室危矣。你怎么会轻易许诺？”
谢安笑道：“我如果不许给他，他怎肯便离京城？我跟你说实话吧，我略懂医道，看桓温病情沉重，这几天的精神头是迴光返照。也就是说他活不了几天啦。不知道他能不能等到加九锡之礼的时候呢。”
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