这时，庾亮又派人前来催促，并且在信中道：“你一再地拖延不来京城，难道想谋反么？”
苏峻早就憋着一口气了，听了此话，再也忍不住了，骂道：“好，你都说我谋反了，我到朝中还能有活路？以往国家危险的时候，多亏我出了大力气，才换来今天国家的安定；现在，兔死狗烹，卸磨杀驴，却要除掉我了。我就是死，临死前也要把你杀掉！”遂于历阳起兵，声讨庾亮。
豫州刺史祖约（祖逖的弟弟）也被庾亮穿过小鞋，得知苏峻造反，也起兵响应，派大哥的儿子祖涣、女婿许柳率两万兵前往支援。苏峻听说后更坚定了反叛的决心，以韩晃、张健为前锋，杀向京城。
司徒司马陶回向庾亮建议道：“您赶紧截断阜陵通道，守住江西当利等险要的地方。使他不能袭击京城的后方。虽然苏峻兵精，但毕竟我们的军队比较多，据险而战，必可胜他。”
庾亮并没有听从，而是严阵以待。哪知道苏峻先占了姑孰，把那里的粮食等物资全部夺去，庾亮这才知道打仗并不是两军碰一块儿厮杀就行了，原来还要涉及到各个险关把守，重要城市之间的互相支援，以及后勤供应等方面。于是才开始听从军事专家的意见命令左将军司马流率兵去守慈湖，派其弟庾翼去守卫石头城。但已经晚了，司马流刚赶到慈湖，大营还没有扎好，大家正在做饭，韩晃突然杀到，司马流大败，乱军中被杀。苏峻遂与祖涣、许柳等合兵一处，向京城而来。
司马陶回又建议道：“石头城有重兵把守，地势险要，苏峻决不敢从这个地方过，一定是绕到南边从小丹阳徒步而来，如果在那里设下伏兵，一定可胜。”
庾亮道：“小丹阳南道狭险难行，苏峻一定认为我设有埋伏，怎么敢从那个地方过来？”又不听从。其实庾亮埋伏一支军队，就算是没等到苏峻来，又能给自己造成多大损失呢？战争不是游戏，成败往往在于一念之间，只要有取胜的可能性都应当重视实行，庾亮随随便便就把这个机会放弃了，简直太愚蠢了。
苏峻料定庾亮不会在险道设伏，派人把船都开出来，大张旗鼓地向石头城进发，扬言要进攻石头城，其实每隻船上只有船夫一人，鼓手一名。而自己亲率大军，趁着夜色，人含枚马勒口不举火，摸黑从南道摸到京城之下。
庾亮听说苏峻带兵来到京城，这才又一次后悔。
卞壸、郭默、赵胤带兵出城与苏峻交战，但并不是苏峻的对手，大败而回。苏峻遂率军进攻青溪栅。青溪栅是南京城在青溪左岸沿河设有的类似篱笆的防御设施。相当于一道城墙，攻破青溪栅便可入城。
卞壸拼命守在青溪栅，直打到晚上苏峻也没有攻下，正好西风颳起，苏峻命人放火，结果风助火势，烧入卞壸军中，苏峻趁势攻入，卞壸被困不能衝出，力竭而亡。苏峻劝卞壸的两个儿子卞眕和卞盱投降，二人道：“父为忠臣，子为孝子，夫復何恨！”也都力战而死。
乱兵攻入云龙门，丹阳尹羊曼、黄门侍郎周导、庐江太守陶瞻全都战死。庾亮在宣阳门拒守，很快也被乱军攻破，庾亮只好与庾翼、郭默、赵胤、孔坦等出城，向西投奔浔阳温峤。
乱兵入城之后，到处抢劫，只要看到身穿军服的，一律杀而不受降。看到女子，便扒光衣服强姦，许多女子没有衣服，只能用茅草盖住身体，连草都找不到的，便挖土盖体。南京城内，哀号之声，不绝于耳。
王导急忙命侍中褚翜抱了小成帝登上太极前殿。王导、光禄大夫陆晔、荀崧、尚书张闿、右卫将军刘超、侍中钟雅、褚翜等人带着几名不愿逃走的禁军侍卫把小皇帝围在中间。不一会儿，乱兵杀入殿中，褚翜厉声呵斥道：“让苏峻来觐见皇上，皇上岂是你们能轻侮的？”
这些乱兵见是皇帝在殿，纷纷退出。但对别的地方却不客气，在后宫大肆抢掠，抢来的东西全部送到蒋山（即钟山、紫金山）存起。
不久，一身戎装的苏峻得意洋洋地走入太极殿，意甚狂傲。成帝虽然只有七岁，却出奇的镇定，问苏峻道：“苏将军没经过朕的宣诏，就带兵入京？”
苏峻道：“庾亮奸臣，赏罚不明，虐害百姓，擅杀大臣，我为国家而起兵。”
成帝道：“现在庾亮已经逃亡了，并不在京中，你为什么不退兵？”
苏峻道：“将士还没有得到封赏，所以不退！”
“你们想得到什么封赏，可以跟朕说。”
“司徒王导，是有德的贤臣，可以仍然当他的官；祖约是个清官能吏，可以升为侍中、太尉、尚书令；我为骠骑将军、录尚书事；许柳为丹阳尹；祖涣为骁骑将军。”
成帝及王导等人，只得按照苏峻的主张加封各官。这时，苏峻手下大将张健也打败了吴国内史庾冰，庾冰化妆逃往会稽。苏峻从此留守南京，把持朝政，并在朝中安插亲信，俨然成为一位挟天子的权臣。然后下了全国通缉令，缉捕庾亮和庾冰。
庾亮逃到浔阳，抱着温峤号啕大哭。哭完之后，庾亮把庾太后的诏书拿出来，要和温峤一起回攻京城。两个人正在商议，又有消息从京中传来，太后为苏峻所迫，郁郁而亡。庾亮恨得咬牙切齿，要推温峤为盟主，东去讨伐。温峤推辞不受，推庾亮为盟主。两个人互相推辞不下，有谋士道：“我们江州兵马不过万余人，要打苏峻并不容易。不如推举征西大将军陶侃为盟主。陶侃既能打仗，又有重兵，与他联兵，必成大事。”温峤和
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