济南事件使北伐停止了一个星期。到五月底，蒋已剷除了阻碍其进程的三个军阀中的两个——吴佩孚和孙传芳。第三个军阀张作霖也准备让出北京，而且后来还丢了命。
6月3日，张发布了一则通电，宣布他的部队将撤出关内。
他和他的随从收拾好行装，登上火车，前往奉天。他们并不知道，日本人虽然曾经资助过他，但那只是因为他对他们有用，现在他们已决定放弃他，使他亡命。当火车接近奉天时，安放在张乘坐的那节车厢中的日本强力炸弹爆炸了，张作霖受了致命的重伤。
蒋并未迅速得知这一对他有重要意义的消息，因为少帅张学良对该事件加以保密，直到他已作出最佳选择为止，很显然，他决定加入国民党一方。
6月初，蒋介石和他的部队胜利进驻北方首府。张学良已宣布所有部队均撤回东北，随后，他派遣他的密使去北京与蒋谈判，但没有结果。进而，蒋又派密使到奉天。其中有一名记者叫萧冬竹，他之所以能成为一名使者是因为他会打高尔夫球，爱跳舞，还能喝酒，而这些又都是张学良最喜爱的消遣。
几星期内，他们两人常常见面，儘管只是在舞厅或高尔夫球场。后来，萧向蒋汇报说，少帅很明白，只要他的部队能留在东北，他便准备加入到国民军方面来。
张学良高兴地接受了蒋关于让他担任国民革命军副总指挥的任命，这是一项许多其他军阀企图得到而未得到的荣誉。这一典型的中国式的解决办法使得蒋能有效地控制住东北军阀。
或许，在这件事上，蒋也没有其他办法，因为他不愿意再抽出力量应付东北的战役。但是，他允许少帅继续占据东北却是有原因的：张学良处于这个职位可与山西军阀阎锡山抗衡，因为蒋不信任阎。
这一妙计是蒋从杨永泰那里得到的。杨是蒋最机敏的私人助手，当时是总司令的讲演稿撰写人，蒋很信任他（杨后来在镇压共产党时被暗杀）。
在占领北京的那段令蒋兴奋的日子里，南方2000英里外预示着不祥衝突的消息似乎被忽视了。
1928年6月和7月，国民党军不断进攻令他们头疼的共产党的堡垒——井冈山地区。第一次进攻中，国民党军开小差和被俘的达1000人；第二次，他们攻克并占领了共产党的一些城镇，但20天后又撤了出来。而这一次，国民政府的注意力主要放在北方，所以，在冬天来临之前，毛的根据地一直处于和平状态。
7月22日，国民军的一支部队举行起义，一个整团投靠了共产党，团长是彭德怀——后来成了举世闻名的中国人民解放军元帅，曾担任过中华人民共和国国防部长。他所率领的部队于1928年7月与当地农民武装联合，称为第五军。
毛泽东此刻处于某些麻烦中。土地改革使许多穷苦农民站到共产党一边，但却疏远了许多需要与之合作的中农。国民党军的封锁和夏季攻势带来了许多不利。毛的部队薪金很少，而且给养又很差，所以有些人也开始闹起事来。
在政治上，毛因头一年的失败仍不得志。他没能参加从7月17日到9月1日在莫斯科举行的中国共产党第六次代表大会。共产党的领导权落到了李立三手中。他是一个知识分子，曾在法国留学。不久，他便捲入了与毛泽东的那场有历史意义的争论之中。周恩来被选为新的政治局委员，但毛泽东却没有。毛当选为中央委员。可是由于通讯设备太差，直到冬天，毛才知道自己已部分復职。
儘管蒋在他数年后的一本名为《中国的苏维埃》的书中曾提到这些情况，但是当时他当然也不知道这些变化。
进驻北京是他北伐的最高峰，他在高级军事将领的陪同下，到西山的碧云寺作了一次虔诚的朝圣。
在孙中山的灵枢前，蒋与他的同僚们脱帽伫立，不一会，蒋便抑制不住地抽泣起来。
情感是短暂的，胜利的欢欣也是如此。
现在，战斗结束了，国民党内立刻在左派与保守派之间及蒋介石的支持者与反对者之间产生了新的派系斗争。
1928年7月下旬，蒋去南京参加国民党中央执行委员会的会议。他提交了辞呈，但无人对此感到意外，因为大家熟悉他的习惯，这次，他有了可以公开的理由。人们都很清楚，他只是在战斗中任总司令，而现在战斗结束了。
然而，蒋当时辞职的真正原因是要阻拦他的下属将领，因为他们希望蒋不要理睬少帅所表现的忠诚，继续用军事进攻占领东北。总之，他们认为，张学良的父亲曾在北京指挥了反对南方的军队，所以他的儿子一定要受到教训，向强硬路线低头，但是，蒋急于巩固他的权力以及他所构想的随之而来的革命，而征服东北将浪费本来就不足的人力物力。
蒋的下属们认为蒋错了，同时，他们强调说，蒋在和平时期不做总司令是没有道理的。其实如果蒋成为行政院主席的话，对他们来说才是真正有用的。但就真正的权力而言，所有这些都是不够的，蒋可以在他已有的职务上再加上新的头衔，但要让人真正对他服从敬畏则又是另一码事。从这个意义上讲，蒋的权力是虚幻的。
在北伐胜利完成之后，蒋的同僚和下属们注意到了他的一个变化，那就是他们发现他“骄做自负，独断专行”。
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