非法实验，被小奚和肖医生发现并举报了，院长便强行将小奚当成了精神病。
肖医生感觉不对，调查时也发现了院长在做非法实验后，举报了院长，结果也被强变成了精神病。
自己费尽心思研究的催眠治疗被院长说成是不正当医疗手段，并且将自己变成了精神病，每天还得像精神病一样被强制喂药……而院长又用着自己研究的催眠治疗进行非法实验，害死了一个又一个无辜的精神病患者，并且一切责任还得肖医生自己承担，就算是不成为精神病，肖医生自己也将成为犯人，自己的同事小奚也被害成为了精神病，而小奚的室友又上吊自杀，让小奚病情加重，而重症患者则会被以治疗名义害死……肖医生因为这些种种原因，发狂了，患上了精神分裂，形成了两个人格。
之后在负责小奚的医生帮助下组织病人逃跑，让小奚从通风管道逃跑，但是在帮助小奚逃跑时突然恶人格占了上风，杀了小奚，并伤了许多病患后逃跑了，可能是去找六葬真经了……
而聂莫黎也趁机逃出了十三号精神病院，实施早已策划好的鸳鸯债来渡劫成仙，但是因为低诂了王娇彤与申墨卿，以失败告终，之后又逃走，下落不明……
而肖医生的这一举动让警方调查十三号病院，让十三号病院的真相大白，从此十三号病院被查封，荒废了……
之后，死去的小奚重返十三号病院，逃跑后才发现自己是鬼……
其他的的事情，仍然是未知……
故事留下了许多的问题，不过到底是为什么，似乎只能赁想象了，不过因该不会有第二部了，因为十三号病院属于老式的恐怖游戏，除了纸嫁衣系列和一些仿照纸嫁衣系列的恐怖游戏，以及很少的有完整剧情的大多恐怖游戏都是这样子。
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