火影50年末，第三次忍界大战结束。在漫长战线上付出惨痛代价的木叶村最终取得了胜利，众多为取得战争胜利而牺牲的英雄们，名字被刻在了慰灵碑上。面对战争给木叶村带来的沉重损失，三代目猿飞日斩主动承担责任，请辞火影一职。在战争中立下显赫战功的波风水门接任第四代火影。（很合理的怀疑这比是丢下烂摊子跑路了，战争结束之后百废待兴，才是更加需要一个经验丰富的人搞经济好吧。
当然，后面三代也为水门提供了帮助就是了。）
暗流涌动：
伴随着战争停歇，木叶村迎来了一波婴儿潮，火影忍者主角团悉数登场，新生一代开始进入历史的舞台。
饱经战火的木叶村原以为会拨云见日，枯木逢春，迎来又一轮和平盛世，但等待着他们的却是暗流涌动的内乱年代。
火影50年-51年
50年2月15日，多有也出生
50年3月9日，天天出生（小富婆）
50年6月20日，左近右近出生
50年6月26日，次郎坊出生
50年7月3日，日向宁次出生
50年9月6日，黑土出生
50年11月25日，佐井出生
50年11月27日，李洛克出生
50年12月16日，鬼同丸出生
火影51年，卡卡西加入暗部。
51年1月19日，我爱罗出生
51年1月23日，油女志乃出生
51年2月14日，卡鲁伊出生
51年2月18日，鬼灯水月出生
51年3月28日，春野樱出生
51年5月1日，秋道丁次出生
51年6月18日，志保出生
51年6月20日，香磷出生
51年7月17日，犬冢牙出生
51年7月23日，宇智波佐助出生（二柱子）
51年9月22日，奈良鹿丸出生
51年9月23日，山中井野出生
51年10月10日，漩涡鸣人出生
51年12月26日，奥摩伊出生
51年12月27日，日向雏田出生
火影51年10月10日：
神秘面具人深夜袭击木叶，九尾暴走。由于事发突然，虽然木叶忍者奋力阻止，九尾依然造成巨大破坏，大批忍者伤亡，四代目火影波风水门和妻子漩涡玖辛奈亦在此次事件中牺牲，史称“九尾之乱”。
动乱后木叶村人心涣散，各派势力貌合神离，三代目猿飞日斩重新接任火影。（这也是一个烂摊子。）
火影52年
三代火影猿飞日斩亲自带队侦破反人类试验隐藏据点，大蛇丸人体实验败露，叛逃木叶，建立新据点，加入晓组织。
火影53年
一年级的宇智波鼬提前从忍者学校毕业，成为下忍，时年7岁。
火影54年
8岁宇智波鼬开启写轮眼
长年处于敌对状态的云隐村与木叶村关系缓和，双方决定缔结同盟条约。54年12月27日，木叶村举行盛大的庆祝典礼，云隐村忍者头目来到木叶村参加仪式，并缔结同盟条约，木叶全体忍者出席。但由于同一天是日向宗家长女雏田3周岁生日，日向族人没有参加结盟仪式。分家的日向宁次在这一天被刻上笼中鸟咒印。当天晚上，云隐忍者头目企图拐走年幼的雏田研究白眼的秘密，被日向日足当场击毙。事后云隐村方面指责木叶违背同盟条约，双方争执不下，云隐甚至以发动战争相威胁让木叶交出涉事人的尸体，日向宁次的父亲日向日差为保护宗家自愿献身，替兄赴死。（很合理的怀疑云隐是故意的，然而三代还是太软了。）
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火影55年
55年4月3日，伊势乌冬出生
55年6月8日，风祭萌黄出生
55年12月25日，伊那利出生
55年12月30日，猿飞木叶丸出生
火影56年
10岁的宇智波鼬晋升中忍。
火影57年
57年3月27日，日向花火出生
火影58年
58年4月，忍者学校入学仪式，51年出生的新生代正式入学。同一天，宇智波鼬执行关键任务，任务完成后加入暗部。
58年9月，忍者学校上学期结束，宇智波佐助第一学期考试成绩全校第一。
宇智波止水计划在政变前夕的神社集会上用别天神阻止宇智波政变，不料却被团藏抢走右眼，将左眼托付给鼬后在南贺川投河自尽，宇智波鼬开启万花筒写轮眼。
第二天，缺席集会宇智波鼬与族人因止水之死一事产生冲突，宇智波富岳出面平息事态，佐助看到鼬的写轮眼呈现万花筒形状。
“我的器量对这无聊的一族感到绝望。”
父子间的嫌隙如同墙上家纹的裂痕，暗示着宇智波一族的命运。
火影59年
13岁的宇智波鼬成为暗部分队长。
止水的自杀延缓了宇智波一族发动政变的时机，但是宇智波一族与木叶高层的矛盾却与日俱增，木叶村的政治形势急转直下，在局面变得无可挽回之际，宇智波鼬执行灭族行动，宇智波家族在一夜之间被屠戮殆尽，宇智波鼬背负灭族罪名叛逃木叶，成为S级叛忍；加入了晓组织，代号为“朱”。
火影60年
60年7月7日，赤丸出生。（修勾勾～）
“云游巫女”药师野乃宇身亡，药师兜成为大蛇丸部下，辅助其进行各种人体实验。
火影61年
大蛇丸觊觎宇智波鼬的写轮眼而对其下手，被反制后趁机脱离晓组织。
缺少人手的晓组织寻访迪达拉，宇智波鼬和迪达拉交手后，迪达拉加入晓，代号“青”。
同年，在暗部工作十年的卡卡西调离暗部，成为担当上忍，教导从忍者学校毕业的学生。
药
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